Il Museo delle Mura è relativamente recente. Esso è stato istituito nel 1989 e l'attuale allestimento didattico è stato inaugurato nel 1990. Il Museo ha sede all'interno della Porta Appia (Porta San Sebastiano) la più grande e la meglio conservata tra le porte delle Mura Aureliane, fatte innalzare dall'Imperatore Aureliano alla fine del III d.C. L'aspetto attuale della Porta è il risultato di molte trasformazioni architettoniche succedutesi nel corso dei secoli. Essa costituisce l'ideale punto di partenza per visite lungo la via Appia Antica. L'attuale allestimento comprende pannelli didattici, plastici delle varie fasi costruttive delle mura e calchi in gesso di alcuni elementi decorativi esistenti sulle mura. L'itinerario didattico, suddiviso in sezione antica, medioevale e moderna, ripercorre la storia della città fino ai nostri giorni. Alcuni pannelli sono dedicati alle mura di età regia e repubblicana e alla storia della via Appia. Si comunica che nel Museo delle Mura a Porta S. Sebastiano è stata limitata l'affluenza del pubblico a cinque persone per piano (massimo 15 persone contemporaneamente), in attesa che vengano effettuati lavori di adeguamento alla normativa vigente in materia di sicurezza dei luoghi aperti al pubblico.